在进行知网查重后，如果发现有多个文档被标记为重复内容，首先需要仔细检查每个文档的具体内容，确认是否存在重复。接着，可以尝试对每个文档进行修改，调整其中的文字、句子结构或引用方式，以降低相似度。另外，可以尝试使用不同的词汇表达同一意思，或者增加原创内容，从而提高文档的独特性。最后，再次进行查重检测，确保文档不再被标记为重复。

处理知网查重后有多个文档的注意事项包括：避免简单的复制粘贴、注意引用格式的规范性、确保文档的原创性和独特性、避免使用大段引用内容、合理利用标点符号和排版格式等。另外，及时保存文档的不同版本，备份重要的修改记录，以防止误操作导致文档遗失。在处理过程中，要保持耐心和细心，确保每个文档都经过认真检查和修改，以提高查重后的文档质量和原创性。